Une étude pionnière de surveillance génomique a fourni l’image la plus claire à ce jour de la course aux armements entre Streptococcus pneumoniaela bactérie responsable d’une série de maladies telles que la pneumonie et la méningite, et les vaccins conçus pour protéger contre les types les plus dominants.
Une souche appelée GPSC10 s’est avérée être une menace particulière, en raison de sa virulence accrue, de sa capacité à transformer sa structure pour échapper aux vaccins et de sa résistance à plusieurs antibiotiques courants.
Crédit image : Ali Raza via PxiciCC0 Domaine public
L’étude, Publié dans Lancette Microbe, a été mené par l’Institut Wellcome Sanger, Centre national de référence pour les pneumocoques, France, et l’hôpital Sant Joan de Deu, Espagne, dans le cadre du projet Global Pneumococcal Sequencing (GPS). Les résultats démontrent la valeur de la surveillance génomique pour éclairer la conception des vaccins et mettent en évidence le défi posé par les souches « métamorphosées » comme GPSC10.
Streptococcus pneumoniae, également connu sous le nom de pneumocoque, est une bactérie pathogène qui provoque des maladies allant des otites à la pneumonie, la septicémie et la méningite. Il est responsable d’environ neuf millions d’infections mondiales chaque année, les personnes âgées et les enfants étant particulièrement sensibles. Plus de 300 000 enfants meurent chaque année d’une infection pneumococcique, principalement dans les pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI)1.
Depuis 2000, une série de vaccins antipneumococciques conjugués (VPC) ont été déployés qui ont ciblé S. pneumoniae sérotypes responsables de la plupart des cas de maladie chez les nourrissons2, entraînant une réduction des maladies dans le monde. Actuellement, le PCV-13 cible 13 sérotypes et des PCV ciblant jusqu’à 25 sérotypes sont en cours de développement. Cependant, il existe plus de 100 sérotypes distincts, et ils peuvent affecter les enfants et les adultes de différentes manières. Savoir quels sérotypes cibler avec les PCV et quel sera l’impact probable sur la maladie et la population pneumococcique au sens large est d’une importance vitale lors de la conception de stratégies de vaccination mondiales efficaces.
Grâce au travail du projet GPS depuis 2011, une image de la S. pneumoniae des sérotypes en circulation a été constitué permettant d’identifier les tendances de la population bactérienne. Un sérotype, le 24F, est en augmentation, comme l’ont documenté le Centre national de référence pour les pneumocoques, la France et de nombreux autres pays comme le Canada, le Danemark, l’Allemagne, Israël, l’Italie, le Japon, le Liban, la Norvège, l’Espagne et le Royaume-Uni.
Dans cette nouvelle étude, des scientifiques du Wellcome Sanger Institute ont réalisé un séquençage du génome entier sur 419 échantillons de S. pneumoniae sérotype 24F, collecté chez des individus en France entre 2003 et 2018 par le Centre National de Référence des Pneumocoques (NRCP) et l’Association Clinique et Thérapeutique Infantile du Val-de-Marne (ACTIV), et sur 91 isolats de pneumocoques de sérotype 24F collectés chez des individus en Espagne par l’Hôpital Sant Joan de Deu. Pour fournir une comparaison mondiale, une collection internationale d’autres S. pneumoniae des génomes ont été ajoutés à partir de la base de données du projet Global Pneumococcal Sequencing (GPS).
La source: Institut Sanger
