Des scientifiques travaillant sur un projet financé par les Centers for Disease Control and Prevention dirigé par l’Université Rice ont compilé une liste de mutations dans la protéine de pointe SARS-CoV-2 qui variante omicron plus résistants aux anticorps neutralisants, y compris ceux issus des vaccinations.
Cela pourrait augmenter le risque de cas révolutionnaires de COVID-19. Les première percée de ce type chez un patient entièrement vacciné, mais sans rappel, aux États-Unis aurait été trouvé en Californie cette semaine.
UNE article de blog par Gene Godbold, chercheur principal à Signature Science LLC, présente neuf des dizaines de mutations et délétions génétiques signalées dans le pic de la variante omicron qui, selon les chercheurs, aident le virus à éviter les anticorps.
Une illustration reproduite pour le blog Signature Science avec des modifications stylistiques mineures de l’article de ScienceDirect intitulé Peptide and peptide-based inhibits of SARS par Desiree Schütz et. al., publié sous licence Creative Commons.
Les données sont destinées à être soumises en tant que publication évaluée par des pairs, mais la propagation rapide de l’omicron dans le monde rend urgente l’agrégation et le partage des résultats en attendant plus de données pour évaluer les implications, a déclaré l’informaticien Rice. Todd Treangen, chercheur principal de l’étude qui a amené Godbold et sa société à bord.
Treangen s’est depuis longtemps spécialisé dans la résolution des défis informatiques posés par le déluge actuel de données médicales, avec un accent particulier sur le suivi des pandémies.
Godbold a déclaré que le projet CDC avait permis à l’équipe d’agréger une multitude de données compilées sur le virus.
Todd Treangen. (Crédit : Jeff Fitlow/Université Rice)
« Ce que nous faisons, c’est donner un sens à des millions de séquences du génome du SRAS-CoV-2 en combinant des citations et des séquences de la littérature de manière à faciliter l’interprétation de nouvelles variantes virales peu de temps après leur documentation », a-t-il déclaré.
« Ces types d’évaluations ne pourraient pas être tentés sans les centaines de chercheurs du monde entier qui ont consacré d’innombrables années-personnes à travailler sur le virus pour déterminer comment les mutations fonctionnent à la fois en laboratoire et en milieu clinique », a déclaré Godbold.
Bien que des données supplémentaires soient nécessaires pour évaluer la gravité des cas de COVID-19 dus à une infection à omicron, Godbold a écrit que la variante est susceptible de rendre le SRAS-CoV-2 non seulement plus transmissible, mais aussi « un qui peut mieux échapper aux anticorps neutralisants induits par la vaccination que variantes déjà vues.
« Cela ne veut pas dire que la vaccination est susceptible d’être vaincue par la variante omicron, mais seulement que la protection conférée par la vaccination est susceptible d’être plus fragile qu’avec les variantes précédentes préoccupantes », a-t-il écrit.
La découverte fait partie d’un projet qui a commencé en juillet avec la subvention du CDC pour développer le logiciel Harvest Variants du laboratoire Treangen pour le suivi intégré et collaboratif des variantes du SRAS-CoV-2. Godbold et ses collègues de Signature Science ont été engagés pour organiser des variantes du virus et tester des logiciels tiers et des services de documentation.
Le logiciel Harvest, introduit par Treangen en 2014, est destiné à être une suite d’outils d’alignement et de visualisation de noyaux/génomes microbiens open source qui permettent une surveillance en temps réel des mutations virales. La subvention du CDC a permis à Treangen et à son équipe d’accélérer son adaptation pour surveiller le SRAS-CoV-2.
« Les efforts de Gene ont été énormes depuis qu’il a commencé à travailler sur ce projet CDC en juillet », a déclaré Treangen, notant que sa collaboration avec Godbold et Signature Science remonte à de nombreuses années. «Gene avait déjà effectué ce type d’analyse pour les variantes existantes, examinant des centaines d’articles qui relient les positions sur le pic à des variantes qui sont soit plus transmissibles, soit échappent aux anticorps. Il a déjà soigneusement classé des centaines de positions le long du génome du SRAS-CoV-2, y compris dans la protéine de pointe, qui se développe en une ressource complète que la communauté peut exploiter pour la caractérisation rapide d’une nouvelle variante préoccupante. »
Treangen a déclaré que l’objectif de l’équipe Rice est de créer des outils informatiques et de calcul permettant une analyse aussi rapide.
« Étant donné que le virus du SRAS-CoV-2 n’arrêtera pas de muter, notre objectif est de fournir une ressource communautaire pour identifier, agréger et partager rapidement des données de haute qualité qui complètent les efforts connexes déployés dans le monde entier », a-t-il déclaré.
La source: Université du riz
