Depuis le début de la pandémie de COVID-19, des mutations du SRAS-CoV-2 – le virus qui cause le COVID-19 – se sont propagées aux États-Unis et dans une multitude d’autres pays dans le monde. Des études récentes suggèrent que les variantes actuelles du COVID-19 sont jusqu’à 70% plus contagieuses que les souches d’origine de la pandémie.
Coronavirus. Crédit: Pete Linforth sur Pixabay, licence gratuite
Une équipe multidisciplinaire de scientifiques de la Case Western Reserve University et de la Cleveland Clinic a utilisé le séquençage génomique pour suivre le SRAS-CoV-2 lors de sa mutation dans le nord-est de l’Ohio. Les résultats de la recherche, publiés dans Réseau JAMA ouvert, ont démontré que les souches initiales et les sous-groupes de souches virales (appelées clades), observés au cours de cette période, étaient associés à une mortalité plus élevée tandis que les variantes plus récentes étaient associées à des hospitalisations et des décès plus faibles.
Bien que ces résultats partagent un aperçu de ce que les chercheurs ont appris plus tôt dans la pandémie, ils pourraient également aider à guider les études futures pour analyser l’impact des nouvelles variantes sur les résultats des patients à mesure que le virus continue d’évoluer.
Cette collaboration de recherche, dirigée par Frank Esper, médecin spécialiste des maladies infectieuses pédiatriques à la Cleveland Clinic Children’s, comprenait des experts en génomique du cancer, en informatique et en sciences des données, en neurologie et en pathologie. Brian Rubin, président de l’Institut de pathologie et de médecine de laboratoire Robert J.Tomsich de la Cleveland Clinic, et Jing Li, le professeur Leonard Case Jr. au département d’informatique et de données de l’Université Case Western Reserve, étaient co-auteurs principaux de l’étude.
Pour mieux comprendre comment les mutations et clades antérieures ont modifié les résultats cliniques, Esper et l’équipe de chercheurs ont analysé les séquences d’ARN des données de 302 patients atteints de COVID-19 au cours de la première vague de la pandémie dans le nord-est de l’Ohio. Ces échantillons cliniques ont été obtenus à partir du registre COVID-19 de la Cleveland Clinic, une collection de données provenant de près de 50 000 patients qui avaient été testés pour la maladie.
En séquençant chaque échantillon contre la souche initiale du virus découverte à Wuhan, en Chine, Esper et l’équipe de recherche ont identifié 488 mutations uniques, en corrélation avec six souches virales (clades Wuhan, S, L, V, G, GH).
Les résultats ont révélé qu’au cours des six premières semaines de la pandémie à Cleveland, les souches virales précoces étaient bien établies et ont contribué à une augmentation des décès dus à la maladie. Cependant, en quelques semaines, ces souches virales précoces ont été devancées par des souches plus transmissibles qui étaient associées à des hospitalisations plus faibles et à une survie accrue des patients, même lorsqu’ils étaient hospitalisés.
« Cette étude offre une description détaillée de la façon dont les différents clades COVID-19 ont évolué et ont concouru une fois qu’ils ont été amenés à Cleveland », a déclaré Rubin. «Le lien entre les clades viraux et les résultats est assez important et souligne l’importance du séquençage du génome viral pour mieux comprendre les nouvelles maladies.»
La plus grande diversité de souches de COVID-19 s’est produite dans les premières semaines avant l’établissement de stratégies communautaires pour limiter la propagation virale. Il est probable que les réponses des États et du gouvernement fédéral aient empêché l’introduction continue de nouvelles variantes provenant de l’extérieur de la communauté, et ainsi réduit la mortalité globale.
«Ces résultats offrent un meilleur aperçu de la façon dont les infections au COVID-19 ont considérablement dépassé les taux d’hospitalisations et de décès liés au COVID-19 à mesure que la pandémie progressait», a déclaré Esper. «La recherche aide également à valider la façon dont les clades viraux peuvent jouer un rôle important dans la prédiction des résultats pour les patients.»
Li a ajouté: «Cette étude confirme en outre l’importance d’étudier les variantes génomiques du virus tout au long de la pandémie. Cela démontre également clairement la valeur de la science d’équipe – une équipe hautement intégrée et interactive avec des forces et une expertise différentes mais une vision partagée – pour relever le défi.
Comme le virus continue de muter au fil du temps, les experts ne sont pas certains de la gravité de la maladie ou de la mortalité que les nouvelles variantes entraîneront. La vaccination généralisée est une stratégie de santé publique importante pour ralentir la propagation du virus. Des vaccinations généralisées aideront à réduire l’apparition de variantes potentiellement mortelles.
Jusqu’à ce que l’immunité du troupeau soit atteinte – ce que les experts estiment à environ 70 à 80% de la population vaccinée – tout le monde devrait continuer à se masquer, à se distancer, à se laver les mains fréquemment et à éviter les rassemblements. Actuellement, seuls 34% des Américains sont entièrement vaccinés, tandis que 52% ont reçu au moins une dose, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.
La source: Université Case Western Reserve
